医疗器械商贸企业的印花税是根据购销合同按购销金额的万分之三进行贴花；帐本按5元/本缴纳（每年启用时）；年度按“实收资本”与“资本公积”之和的万分之五缴纳（第一年按全额缴纳，以后按年度增加部分缴纳）。因为在我国印花税是对经济活动和经济交往中书立、领受、使用的应税经济凭证所征收的一种税。不管是什么行业，签订应税凭证才要交印花税。这和行业类型无关，主要的依据是看所签订的是何种合同，不同的合同是适用不同的税率的。

医疗器械行业所涉及的税种：

1、城建税按缴纳的增值税的7%缴纳；2、教育费附加按缴纳的增值税的3%缴纳；3、地方教育费附加按缴纳的增值税的2%缴纳；4、印花税：购销合同按购销金额的万分之三贴花；帐本按5元/本缴纳（每年启用时）；年度按“实收资本”与“资本公积”之和的万分之五缴纳（第一年按全额缴纳，以后按年度增加部分缴纳）；5、城镇土地使用税按实际占用的土地面积缴纳(各地规定不一，XX元/平方米)。

五、医疗器械税收优惠政策一些细则：

1.医疗设备及设备安装、维修及售后服务增值税返税45%

2.Ⅱ类：医疗器械6856-2病床生产、销售个人所得税税收奖励70%

3.医疗器械、计算机软硬件及耗材、建筑材料、五金交电、汽车销售企业所得税返还27%

4.办公用品、电子产品、仪器仪表、机械设备、通讯器材、电脑软硬件配套产品的销售企业增值税园区奖励9%

5.仪器仪表销售、安装、租赁、维护附加税地方留存奖励16%

6.许可项目：国营贸易管理货物的进出口个税税收返还49%

7.一类医疗器械的生产、二类医疗器械的生产所得税当地留存返还17%

8.国家限定企业经营或禁止进出口的商品和技术除外增值税税收扶持12%