药店的印花税核算方式一共有两种：一种是从价计税应纳税额=计税金额*税率；另一种是从量计税应纳税额=凭证数量*单位税额。根据《中华人民共和国印花税暂行条例》第三条 纳税人根据应纳税凭证的性质，分别按比例税率或者按件定额计算应纳税额。具体税率、税额的确定，依照《中华人民共和国印花税暂行条例》所附《印花税税目税率表》执行。应纳税额不足一角的，免纳印花税。应纳税额在一角以上的，其税额尾数不满五分的不计，满五分的按一角计算缴纳。

一、印花税的计税依据如下：

1、应税合同的计税依据，为合同所列的金额，不包括列明的增值税税款；

2、应税产权转移书据的计税依据，为产权转移书据所列的金额，不包括列明的增值税税款；

3、应税营业账簿的计税依据，为账簿记载的实收资本（股本）、资本公积合计金额；

4、证券交易的计税依据，为成交金额。

二、免征印花税的凭证：

1、应税凭证的副本或者抄本；

2、依照法律规定应当予以免税的外国驻华使馆、领事馆和国际组织驻华代表机构为获得馆舍书立的应税凭证；

3、中国人民解放军、中国人民武装警察部队书立的应税凭证；

4、农民、家庭农场、农民专业合作社、农村集体经济组织、村民委员会购买农业生产资料或者销售农产品书立的买卖合同和农业保险合同；

5、无息或者贴息借款合同、国际金融组织向中国提供优惠贷款书立的借款合同；

6、财产所有权人将财产赠与政府、学校、社会福利机构、慈善组织书立的产权转移书据；

7、非营利性医疗卫生机构采购药品或者卫生材料书立的买卖合同；

8、个人与电子商务经营者订立的电子订单。