工程合同纠纷最有效的处理方式有以下：1、合同双方自行和解。需要注意，可和解的合同必须符合法律规定。2、第三方介入调解。需要注意，民间第三方制作的调解书不具有强制力。3、申请仲裁。需要注意，仲裁的前提条件是必须要有仲裁条款或仲裁协议。4、起诉。当纠纷无法调解且没有约定仲裁时，可以通过诉讼解决纠纷。根据《中华人民共和国民法典》第十条规定，处理民事纠纷，应当依照法律;法律没有规定的，可以适用习惯，但是不得违背公序良俗。

工程款被拖欠的行政应对措施：

1、资金审查。政府有关部门应对建设单位上报的项目进行严格审查，尤其是投资能力的审查，严格执行先落实资金，后上项目的原则，严格审查上报项目的资金落实情况。因主管部门审查不详，导致不良后果的，也要追究主管部门和主办人员的行政责任。

2、项目审批。政府有关部门对建设单位拟建项目的可行性研究报告，一定要严格遵守审批、审核程序，并委托在关咨询公司进行评估、审计，然后按行政程序审批，重大项目还可聘请国内外专家咨询。从而，避免出现重复建设及其他问题。

3、市场整顿。整顿和规范建筑市场经济秩序是建筑业改革、发展、稳定的大事。各级计划、和建设部门都要认真执行国务院关于整顿和规范市场经济秩序的决定，依法查处招标投标活动中的违法违规行为，严格依法行政，并把清欠工程款当作一项任务来抓。

在建设工程施工合同的实际施工方履行完毕之后，此时发包人就需要按照工程合同的实际约定来向该施工人支付相应的工程款，如果是工程的发包人拒不支付、逾期支付的，此时可以向当地的行政部门投诉，也可以直接向人民法院提起诉讼。