建筑工程合同纠纷仲裁机构为工程所在地仲裁机构。法院通过民事诉讼程序确认仲裁协议的效力。一般情况下，关于仲裁协议的效力问题总是在一方当事人就争议向法院提起诉讼时凸显出来。即一方当事人向法院提起诉讼，另一方当事人以仲裁协议抗辩法院无审判权。因为仲裁协议的有效性实质就是以何种方式解决民事争议的问题，因此当事人一般不会单独就仲裁协议向法院提起确认之诉，而是要求法院裁决双方争议的同时要求法院确认仲裁协议的效力。

根据《仲裁法》第十六条第2款规定，仲裁条款应当具有下列内容：

1、请求仲裁的意思表示。请求仲裁的意思表示，主要是指双方当事人将他们之间的纠纷提交仲裁机构解决的一致表示和共同愿望。这是仲裁协议成立的前提。

2、仲裁事项。仲裁事项，是指双方当事人同意提交仲裁解决争议的事项，即通过仲裁来解决什么争议问题。《建设工程施工合同》当事人双方可以采用概括约定仲裁事项为合同争议，即基于《建设工程施工合同》成立、效力、变更、转让、履行、违约责任、解释、解除等产生的纠纷都可以作为仲裁事项，也可采用明确约定《建设工程施工合同》因合同成立、效力、变更、转让、履行、违约责任、解释、解除等其中一项或几项为仲裁事项。须注意的是，仲裁机构仅有权对仲裁条款中提及或明确的仲裁事项或仲裁请求进行审理并作出裁决，越权裁决部分可被法院撤销或被拒绝执行。

3、选定的仲裁委员会。仲裁实行协议管辖，没有地域管辖或级别管辖。在仲裁条款中要明确由哪个仲裁委员会对争议进行仲裁。