具体方法：1、严格招投标和承发包程序，优选施工单位，严格控制工程分包和转包。2、建设前期加强立项管理，打足投资，保证归口使用资金80%以上存入银行，专款专用。3、加强合同和信息管理，签定协议尽量采用规范的合同示范文本，对附加条款要仔细推敲，咨询有关专家，请专家给予指导。4、严格进行工程变更把关，严禁通过设计变更扩大建设规模，增加工程内容，提高建设标准，对必须变更的，应先做工程量和造价增减分析。5、加强隐蔽工程的检查验收，完善隐蔽工程现场签证手续。6、及时解决工程中的索赔问题。7、进一步规范业主、承包商、政府行政管理部门的行为，不瞎指挥。

建设工程合同纠纷发生的原因有：

1、承包人没有资质，导致合同无效。建设工程施工合同具有下列情形之一的，应当认定无效:（1）承包人未取得建筑施工企业资质或者超越资质等级的;（2）没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义的;（3）建设工程必须进行招标而未招标或者中标无效的。在建设工程合同中，经常会出现一些非法转包，违法分包的情况，违反了法律的禁止性规定导致合同无效，以至于当事人的合法利益受到损害。或者签订合同的承包人是挂靠经营，自己根本不具备承包工程的资格。因此，在签订合同时，发包人或者业主要严格的对承包人的资格进行审查，以免发生纠纷。

2、拖欠工程款。工程款拖欠也是建设工程合同发生纠纷的主要原因之一。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》，第26条，“实际施工人以转包人、违法分包人为被告起诉的，人民法院应当依法受理。实际施工人以发包人为被告主张权利的，人民法院可以追加转包人或者违法分包人为本案当事人。发包人只在欠付工程价款范围内对实际施工人承担责任。”司法解释为了维护实际施工人的利益，规定了发包人对于欠付工程款的责任。因此在合同的订立时，当事人最好约定违约金，这样可以约束发包人或者分包人的行为。