在招标过程中，招标代理费一般由中标单位支付是合法且常见的做法。这是因为在招标代理服务中，招标代理机构为采购人提供了专业的服务和支持，协助采购人完成招标流程并确保公平竞争和透明度。因此，中标单位支付招标代理费，可以理解为对拟中标单位的一种费用承担，是一种符合合理商业原则的行为。采购人和招标代理机构可以根据项目性质、范围和困难程度等因素，进行合理的费用谈判和协商，并确保遵守相关规定和合同约定。

招标代理费收费计算方法：

1、按照中标项目的招标金额或合同金额的一定百分比来计算招标代理费。这是一种常见的收费方式，通常在1%到5%之间，取决于项目的复杂程度、规模大小和业务难度等因素。例如，如果招标代理费率确定为2%且中标项目金额为1000万元，那么招标代理费用就是200万元。

2、按照中标项目的招标金额或合同金额将费用划分为多个阶梯，每个阶梯对应不同的费率。通常，随着项目金额的增加，费率会有所降低。这种方式可以鼓励招标代理机构积极争取大型项目，同时也可以与项目规模相匹配地确定费用。

3、按照招标代理机构实际投入的时间和工作量来计算费用。这个方法通常适用于一些特殊和复杂的项目，其中招标代理机构需要投入大量的人力、物力和时间来完成项目。费用可以根据工作小时数或工作天数来计算，也可以按照不同工作阶段的投入资源来确定。

4、根据项目的特点和需求，双方可以事先约定一个固定的招标代理费用金额。这种方式适用于一些简单和规模较小的项目，费用金额可以根据预估的工作量和成本来确定。一旦费用金额确定，无论项目的最终金额如何变化，招标代理费用都保持不变。